Hloubení průzkumných vrtů podléhá platným zákonům. Průzkumný vrt je nutné řádně nahlásit. V případě vrtu hlubšího než 30 metrů se na základě zpracovaného projektu, průzkumné práce musí také zaevidovat u příslušného báňského úřadu. Od roku 2019 je před provedením průzkumného vrtu nutné vydání souhlasu vodoprávního souhlasu.
Průzkumné vrty se provádí v souvislosti s geologickým zákonem. Provedení průzkumného vrtu je možné na základě ohlašovací povinnosti místně příslušnému obecnímu úřadu a zaevidování průzkumných prací Českou geologickou službou - to je podmíněno zpracováním projektové dokumentace průzkumných prací včetně zpracování hydrogeologického posouzení a na základě vydání souhlasu vodoprávního úřadu.